Jeziora i rzeki

Wody śródlądowe zajmują obszar 10 266,4ha, co stanowi 31,3% powierzchni całkowitej Parku. Główne akweny SPN to jeziora Łebsko i Gardno, czyli dwa największe pod względem powierzchni polskie zbiorniki przymorskie. Jednocześnie Łebsko jest trzecim, co do wielkości jeziorem w Polsce, a Gardno ósmym. 
Jeziora charakteryzują się różnymi stosunkami hydrologicznymi, ukształtowanymi w wyniku przewagi czynnika lądowego lub morskiego. Do jeziora Gardno uchodzi rzeka Łupawa wnosząca 7,6m³ wody/s, natomiast do jeziora Łebsko rzeka Łeba wprowadzająca 11m³ wody/s. Oba jeziora połączone są z morzem za pomocą krótkich odcinków ujściowych tych rzek. Jeziora Gardno i Łebsko są zbiornikami słonawowodnymi. Okresowy napływ wód morskich do jezior, poprzez koryta rzek łączących je z morzem, powoduje, że zmieniają się warunki życia dla występujących tu organizmów. Zasolenie jezior może wtedy wynosić do 3 promili. Z przeprowadzonych badań wynika, że wody morskie większy wpływ wywierają na jezioro Łebsko, niż Gardno. Dwa mniejsze jeziora Dołgie Małe i Dołgie Duże nie posiadają dopływów. Odpływ z tych akwenów następuje do kanału Gardno-Łebsko. 
Niewielka głębokość jezior i duże ilości osadów niesione przez rzeki powodują stosunkowo szybkie wypłycanie mis jeziornych, a w następstwie tego zarastanie przez roślinność płytszych obszarów akwenów. Jest to przyczyną ciągłego zmniejszania się powierzchni zbiorników SPN. 
Jeziora położone na terenie Parku ze względu na swoje cechy naturalne są nieodporne na dopływające do nich zanieczyszczenia. Powoduje to nasilenie procesu eutrofizacji wywołanej stałym dopływem ładunków, spływających korytami rzek z okolicznych pól i łąk, bądź docierających wraz z opadem atmosferycznym. Głównym zagrożeniem dla jakości i żyzności wód jezior Parku są związki fosforowe, jak i azotowe, dostarczane i obecne w toni wodnej oraz osadach dennych. Wysokie stężenia związków azotowych i fosforowych notowane od wielu lat w wodach Parku są główną przyczyną dużej troficzności akwenów i postępującej eutrofizacji, której widocznym przejawem jest bujnie rozwijająca się roślinność trzcinowisk, szuwarów i oczeretów. 
Sieć rzeczna północnego skłonu Pomorza przybrała obecną formę u schyłku plejstocenu i ulega odtąd stałej ewolucji. Wykazuje ona wyraźny związek z rzeźbą glacjalną odwadnianych terenów. Główne rzeki przepływające przez obszar Parku, tj. Łeba (pow. dorzecza 1801,2km²) i Łupawa (924,5km²) biorą swój początek na znacznych wysokościach: Łupawa - 202m n.p.m., Łeba - 170m n.p.m. Dzięki swym krótkim biegom: Łupawa - 98,7km, Łeba - 118km charakteryzują się stosunkowo dużymi spadkami średnimi: Łupawa 2,040/00, Łeba 1,450/00. Szczególnie wysokie spadki osiągają te rzeki w swych górnych biegach. W dolnych odcinkach rzeki są kręte i wykazują niewielki spadek zwierciadła wody.